Монастырь во имя Всемилостивого Спаса был основан св. блгв. князем Даниилом Московским в XIII в. у Серпуховской заставы, где ныне расположен Данилов монастырь. Сыном св. Даниила Иоанном Калитой перенесен на Боровицкий холм в Кремль, а после начала каменного строительства в Кремле при Иоанне III переведен на нынешнее место — Крутицкий холм и стал в народе называться Спасом на Новом или Новопасским. На прежнем месте, в Кремле, остался Спасо-Преображенский собор, который в течение многих веков был известен как дворцовый храм «Спас на Бору».
Монастырь был закрыт в 1918 году; возобновлён в марте 1991 года. С 1918 года на территории монастыря располагался концентрационный лагерь НКВД. С 70х годов ХХ века в монастыре располагался Всесоюзный Научно-Исследовательский Институт Реставрации.
Он внес весомый вклад в сохранение комплекса.
В подвальной части Спасо-Преображенского собора находится ряд могил, среди которых — погребения бояр Захарьиных-Романовых.
Последним погребенным в усыпальнице представителем рода Романовых стал Великий князь Сергей Александрович (†1905), дядя св. страстотерпца государя Николая, супруг св. преподобномученицы Великой княгини Елисаветы Феодоровны, убитый террористом в 1905 г. Его останки перенесены в монастырь из Кремля в 1995 г. На территории монастыря воздвигнут памятный крест, воссозданный по хранившемуся проекту В.М. Васнецова, в точности повторяющий установленный в Кремле на месте гибели Великого князя и уничтоженный в XX в.
На территории монастыря погребен известный в XIX в. старец Филарет (иеросхимонах Феодор), почти 50 лет подвизавшийся в обители и за преподобническую жизнь сподобившийся от Бога обильных духовных дарований. Его почитал и часто навещал свт. Филарет, митр. Московский и Коломенский.
Также в монастыре перезахоронена инокиня Досифея (†1810), погребенная на территории, монастыря по завещанию. Духоносная московская старица XVIII — нач. XIX в., 25 лет подвизавшаяся в Ивановском монастыре, известная в миру под именем принцессы Августы Таракановой, дочери императрицы Елизаветы Петровны.
